Разницу в 2 процента новой ставки НДС, перечисленную в бюджет за свой счет, продавец учесть не может. Такие выводы можно сделать из письма Минфина от 31.10.2018 №03-07-11/78170.
Читайте в модуле «Налоговые риски и защита» об особенностях перехода на новую ставку НДС.