Для определения конкретных медицинских услуг, которые не облагаются НДС, Минфин в письме от 16.08.2018 №03-07-14/57948 рекомендует применять постановление Правительства РФ от 16.04.2012 №291 и приказы Минздрава России от 11.03.2013 №121н  и от 13.10.2017 №804н.
Читайте о том, какие налоги платит медицинская организация, в модуле «Налоговые риски и защита».