Начиная с 1 января 2019 года будет применяться новая ставка НДС. Федеральным законом от 03.08.2018 №303-ФЗ она повышена с 18 до 20 процентов. Это значит, что если товар отгружается (работы выполняются, услуги оказываются) 1 января 2019 г. и позднее, то счет-фактуру надо выставлять со ставкой НДС 20%. 
Для применения новой ставки НДС дата заключения договора не имеет значения. 
Для реализации медицинских изделий льготная ставка 10% сохраняется. 
Читайте в модуле «Налоговые риски и защита», какую ставку применять по договорам заключенным в этом году и действующим в следующем.