Если в договоре стоимость реализуемых товаров, оказанных услуг или выполненных работ указана с учетом НДС и при оплате этих товаров, услуг, работ покупателем в платежном поручении выделена сумма налога, при невыставлении счета-фактуры продавцом, применяющим УСН, обязанности по уплате НДС в бюджет не возникает. Такое разъяснение Минфин России дает в письме от 22.06.2018 №03-07-11/42820.
Читайте об особенностях применения упрощенной системы налогообложения в модуле «Налоговые риски и защита».